La carenza di colina provoca gravi danni al fegato, nelle cui cellule si depositano grassi detta anche steatosi.
La funzione principale della colina è quella di donare i propri metili e quindi di attivare quelle reazioni metaboliche che si basano sulla incorporazione e sul trasferimento di tali gruppi, come la biosintesi della metionina, la formazione della creatina e dei composti metil-piridinici.
La colina inoltre come fosforilcolina si comporta come sostanza lipotropa, capace cioè di donare gruppi metilici liberi e di combinarsi con gli acidi grassi dando luogo alla formazione di fosfolipidi; favorisce inoltre la mobilizzazione di grassi dal fegato.